La Secretaría General constituye el núcleo de garantismo y tutela de derechos del Defensor del Pueblo, su función primordial consiste en planificar, coordinar y gestionar las acciones tendentes a la defensa de los derechos fundamentales de las personas y los intereses colectivos y difusos. La misma se encuentra integrada por cuatro departamentos que funcionan de forma coordinada para cumplir con el mandato constitucional del Defensor del Pueblo y las disposiciones de la Ley núm. 19-01.
 
Los departamentos que integran la Secretaría General son:

Departamento de Atención al Ciudadano

Se encarga de requerir, atender, depurar y canalizar los requerimientos de los ciudadanos en materia de derechos fundamentales y los intereses colectivos y difusos.

Departamento de Investigación

Se encarga de realizar las investigaciones, levantamientos e inspecciones con ocasión de las reclamaciones o quejas sobre las violaciones de derechos fundamentales de las personas.

Departamento de Notificaciones

Tiene bajo su responsabilidad la realización, tramitación y seguimiento de todas las notificaciones a los órganos de la Administración pública, o cualquier entidad pública o privada, cuando corresponda con ocasión de las reclamaciones o quejas promovidas por los ciudadanos y las ciudadanas, así como los casos por violaciones a los derechos fundamentales de las personas.

Departamento de Litigio Estratégico

Se encarga de desplegar las acciones y recursos constitucionales, así como las intervenciones ante los órganos jurisdiccionales del país, con la finalidad de procurar la tutela judicial cuando se vean comprometidos los derechos fundamentales de las personas y los intereses colectivos y difusos.